葡萄牙海上帝国的成立尝试垄断香料贸易年到年仅仅十多年的时间里，印度洋海域的主要港口城市相继受到葡萄牙的攻击，并受其统治。东非的索法拉（）和莫桑比克（）、波斯湾的霍尔木兹（）、印度西海岸的果阿（），还有马来半岛的马六甲（）均是如此。它们大部分都是知名征服者、第二代总督阿方索·德·阿尔布克尔克的杰作。在印度洋西海岸的主要港口城市中，葡萄牙未能征服的只有位于红海入口处阿拉伯半岛的亚丁和印度西北古吉拉特地区的港口第五。
在被葡萄牙统治的城市里，大量葡萄牙人驻留，并建起了坚固的要塞。葡萄牙船只在印度洋海域主要航线上变得不可一世。可以说，阿尔布克尔克时代构筑了葡萄牙海上帝国的基础。在年到年期间，从葡萄牙安全抵达印度洋的船只数量，加上卡布拉尔和达·伽马船队，共有艘，在其后的十年间有87艘。另外，从印度洋返回葡萄牙的船只，最初的十年间有88艘，其中有77艘抵达葡萄牙。之后的十年间，这一数字分别为60艘、59艘。由此可见，有相当数量的葡萄牙船只长时间在印度洋海域各地开展活动。
葡萄牙人侵占港口城市，试图以该海域主人的姿态，通过暴力控制当地的贸易活动。这意味着该海域至今为止任何人都可以自由航行、自由使用港口城市的规则遭到根本性改变。先不说地中海、北海等欧洲周边的海域，在这之前印度洋中尚未出现过要控制海洋、海上交通和贸易的人。在葡萄牙人出现的仅仅十多年时间里，印度洋海域的秩序被迫发生了极大变化。葡萄牙人之所以采取如此行为，是因为他们想独霸胡椒和香料的贸易。
自古以来，进入欧洲的胡椒和香料是从印度西海岸经过红海、波斯湾这条航线运到西亚。葡萄牙人封锁了这条航线，不允许向西方运输商品。与此相对，他们经由好望角带回胡椒和香料，通过垄断市场获得了巨额利润。这乍看上去，好像并不是那么聪明的做法，但是由于胡椒和香料的装载港口、途中经由的港口，还有商品目的地的港口基本上都是固定的，也就是说葡萄牙船队只要顺应季风的方向，在这些港口附近检查进出的船只就可以达到目的。对这条传统航线的封锁，至少在当时发挥了相当大的作用。
当然，印度洋沿岸各地的王侯商人们对于突然出现的葡萄牙人的残暴做法并非没有看法。直接面临关税剧减的埃及马穆鲁克王朝的苏丹和之后取而代之的奥斯曼帝国的苏丹，还有卡利卡特国王们组建舰队，也对葡萄牙船队发动过挑战。
虽然他们也取得过部分胜利，但是从整体来看，到荷兰人和英国人等欧洲国家的人在印度洋海域出现为止，葡萄牙人对这一海域的武力控制不可撼动。需要说明的是，葡萄牙人试图以武力垄断的仅仅是以胡椒为中心的香料贸易。他们绝非企图完全霸占印度洋海域的所有贸易，这也是绝对不可能的。与之前相比，在印度洋贸易中占更大份额的其他各种商品交易没有改变，仍然是很多贸易集团在相互竞争和相互合作中进行的。
葡萄牙海上帝国——葡属印度到年前后，印度洋海域的大部分港口城市均已在葡萄牙的掌控之下。这些港口如点状分散在印度洋沿岸，葡萄牙人把这些点连成线，并全力维持这一海上交通线。由这一连串的点和线形成所谓葡萄牙锁链的势力范围，用葡萄牙语表示为EstadodaIndia，也就是印度国或葡属印度的意思。对于葡萄牙人来说最为重要的是，这一锁链的内侧，也就是大海，葡属印度无疑是海上帝国。
为了能够和一百年后出现的东印度公司的特征进行比较，在此整理归纳一下葡萄牙本国和葡属印度的关系、东方贸易的方式、葡属印度的维持和运营等问题。在印度洋至17世纪初出现东印度公司的船只以前的一百年间，葡萄牙国王、印度总督的*策随着时代的变迁而变化，另外，印度洋沿岸各属国的*治权力也发生一定变化。
此处的总结只是将其与其后的东印度公司时代进行比较，是一个非常粗略的示意图，请读者给予谅解。理论上，通过海上交通而开展的东印度相关事务完全是葡萄牙王室的事情，只有葡萄牙国王才拥有从葡萄牙派船至印度洋的权限。但是，16世纪初的葡萄牙只不过是欧洲西南地区的一个小国，人口刚过一百万。
从王室的财*规模来说，这样一个小国的国王持续不断地派遣大量的人和船到印度洋是不可能的。比如，年，葡萄牙国王派遣阿尔梅达·佛朗西斯科·德前往印度，其率领的庞大船队由22艘船组成，仅舾装耗费就相当于葡萄牙王室年收入四分之三以上，约25万克鲁扎多。如果将如此庞大的金额持续投入单一行业的话，王室财*必破产无疑。
因此，虽然名义上是王室自身的事业，但实际上有很多人和集团都与向东印度派遣葡萄牙船只有着千丝万缕的关系。之前的阿尔梅达船队的费用一半以上实际上是由德国和意大利的商团出资的。即便是王室的船只，只要支付足够的钱，航行东方的权利也可以转让给贵族和商人。另外，年后，葡萄牙王室在今天比利时的安特卫普设立商馆，销售从东印度带回来的胡椒和香料。
以经营款项作为担保，王室从弗兰德斯的金融机构融资并用来建造前往东方的船只。虽说垄断了派遣船只的权利，但实际上并非所有的费用都由王室来负担。关于开往东方的船只的建造和舾装、商品的准备、确定船员、与东方各地之间的联系、东方商品的销售等业务，均由里斯本的印度馆、王室财产监督院，加上安特卫普的商馆（至年）相互分工，合作完成。
任何一方都是隶属于国王的下设机构。但在当时，葡萄牙的国家财产和王室财产并没有严格区分，三者的关系相互交织，非常复杂。此外，因船只的不同，实际出资者和货物所有者也存在微妙的差异，导致上述机构之间的业务关系异常错综复杂。
葡属印度的统治者是葡萄牙国王。在当地代表国王的权力，全面负责当地民*和**的人是由国王任命的总督，自年以后驻扎于果阿。葡萄牙本国和果阿之间的通信最短也要花十个月，所以葡属印度的实际运营和管理均由总督和其下所设的委员会负责。委员会由果阿大主教、果阿城行*负责人（行*长官）、有能力和名望的两三名贵族，加上王室财产管理人等组成。葡属印度各地设立的要塞大约有50个，在这些成为要塞和据点的商馆里，派驻有被称为行*长官的责任人，他们听从总督的指示，负责管辖本地区的民*和*务。